เขื่อนคลองตรอน มีวัตถุประสงค์เพื่อการชลประทาน เริ่มดำเนินการก่อสร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2541 น้ำที่ระบายจากอ่างเก็บน้ำลงสู่ลำน้ำคลองตรอนได้ถูกทดไว้ด้วยฝายคลองตรอนซึ่งอยู่ท้ายน้ำห่างจากอ่างเก็บน้ำเขื่อนคลองตรอนประมาณ 17 กิโลเมตร เพื่อส่งน้ำให้แก่พื้นที่เพาะปลูกตอนล่างในอำเภอน้ำปาดและอำเภอทองแสนขัน จังหวัดอุตรดิตถ์ เพื่อใช้มีการใช้ประโยชน์จากน้ำที่ระบายให้เกิดประโยชน์สูงสุด